Bir önceki yazıda bıraktığımız yerden devam ederek modern döneme kadar olan süreçte değişimin felsefesini kısaca inceleyeceğiz. Bu süreçte odak noktalardan belki de en etkin ve önemli olan durum bilim ve felsefe arasındaki ince çizginin doğa anlayışının şekillenmesindeki etkisidir. Değişimin felsefesinin temelini, Batı felsefesine Platon’dan ve Aristoteles’ten geçmiş olan öz kavramının değişmezliğinin reddedilmesi ile ardından gelen Orta Çağ felsefesinin bu temel üzerine kurduğu görüşü, günümüzde evrim kuramına neden bu kadar çok karşı olunduğunu açıklamak için de faydalıdır. Öz kavramının değişmezliğinin yerine ortaya sürülen temel sav, değişimin ve dönüşümün temel olduğudur. Platon’un felsefesinde üstün bir ideal formun suretleri, kusursuz olmayan bir biçimde yeryüzündeki bulunur. Fakat düşüncenin ideleri kişiden bağımsız olarak vardır. Aristoteles, daha sonra Platon’un değişmeyen öz kavramının, canlı türlerin değişmez özellikleri olduğu fikrini ortaya sürerek, ardından gelen, Platon ve Aristoteles’in Hıristiyan inancına göre yorumlayan orta çağ ilahiyat felsefecilerine göre, bu savlar Eski Ahit’in tekvin (genesis) kavramı ile birleştirilerek; her türün, bugünkü formuyla sadece Tanrı tarafından ve değişmez bir şekilde yaratıldığı sonucuna ulaşılmıştır. Thomas Aquinas bu Öz’ün Tanrı olduğunu ve “Bir”i oluşturan özün, yok olandan var olana Tanrı’nın gücü ile dönüştüğünü, dahası yaratılıştan sonra her şeyin belirli bir düzen içerisinde olduğu görüşünü ortaya atarak, günümüze kadar çok fazla bir değişime uğramayacağı savını öne sürmüştür. Daha sonra, diğer görüşleri gibi, belirli bir kesimin temel savı olacak bu görüş, felsefenin bu türden bir halinin neden değişime karşı sert cephe aldığını açıklamaya yetmektedir. Yaratılışı, düzensizlikten düzene geçişi ve bu düzenin yeryüzü üzerinde “en üstün” varlık olan insana kadar uzanan, insanın hem fiziksel hem de ruhsal bir varlık olarak, bir köprü oluşturduğunu kanıtlamaktadır. Bu bakımdan Scala Naturaæ doğa ile uyum içerisinde olmak zorundadır. Süreksizlik, ilk yaratılıştaki kusuru akla getirebilecektir. Ardından gelen ve birbirini etkileyen kimi felsefi temeller de bu çıkarım üzerine kurularak, bu türden bir değişim karşıtlığı üretmesi zorunluluğu ortaya çıkarmıştır.
15. yüzyıldan başlayarak gelişen bilim felsefesi, Avrupa’da, aslında doğadaki yaratıcının rolünü kanıtlamak amacını gütmektedir. Nicolaus Copernicus’un, De revolutionibus orbium coelestium (Gökcisimlerinin Dönüşleri Üzerine) adlı eserini oluşturan gözlemlerinin çıkarımlarının başlangıç amacı, evren üzerine kurulan metafizik görüşlerin kanıtlanmasıydı. Bu amaç, Copernicus’un kendisinin de din adamı olması sebebi ile kozmoloji yorumlamalarında bu konunun doğrulanmasına yönelik çalışmaları oluşturuyordu ironik bir biçimde. Gözlemlerinin, o dönemde yayın kabul gören kozmoloji ile çelişmesi nedeniyle eserini hayatın son döneminde yayınlayan Copernicus, tam da bu önemli noktada dönemin savlarının, gözlem ve deney ile çelişmesinin, gerek kozmolojide gerek canlı doğasındaki değişmelerin kanıtlı açıklamalarına karşın bu denli katı karşıtlık bildirmesi açıklamasına varılabilir. Hayatı boyunca dindar birisi olarak bilinen Kepler’in de tüm yazılarında Tanrı’ya sayısız referanslar içermesi ve evreninin nasıl çalıştığını anlamanın, evreni açıklamanın onun için ulvi bir ödev olması, çalışmalarını bu amaç uğruna yapması aslında modern bilim tarihi açısında her nedense göz ardı edilen bir husustur. Mysterium eserinde bildirdiği üzere çalışmalarının temeli, İncil’de yazan Kıyameti ya da İsa’nın Dirileceği Tarihi, kısaca dünyanın sonunu hesaplama gayretidir.
Geçmişte, belirli savlarıyla tamamen çelişen, Galileo’nun savının değişim fikrine bu derece sert karşı durulması, ileride kuramıyla başlayacak olan değişim ve dönüşüm sürecine karşı başlatılan muhalefetin anlaşılması açısından oldukça önemli olacaktır. Galileo, “Matematik Tanrı’nın evreni yazdığı dildir” diyerek çelişkili bir gerçeklik olamayacağını vurguluyordu. Sorgulanamazlığın, Aristoteles’in savlarının Orta Çağ Felsefesine göre yorumunu, bilimin otoritesi konumuna yerleştiren düşüncenin sorgulanmaya başlanması ve evrende değişimin mümkün olduğu ortaya atması bakımından Galileo, tarih açışından oldukça önemli bir yere sahiptir. Dönemin iktidarının ve otoritesinin, bilim üzerinden sorgulanmaya ve sarsılamaya başlamasının en önemli geçiş noktasıdır. Gözlemlerin, deneylerin ve çıkarımların, kutsal kitap ile uyum gösteren kısımları hakkında günümüzde herhangi tartışma yoktur. Fakat her nedense “öz”ün değişimi konusundaki fikirlerin –her ne kadar kanıtlamış olsalar da– en başından beri müphem oldukları görüşü kabul edilmiştir.
Düşünce ve gerçeklik hakkında herhangi bir bilimsel yönetimin ve sistemin yargılama yapamayacağı gibi değişimin kendisi de kuramın herhangi bir aşamasında, bu amaç doğrultusunda kullanılmamıştır. Yöntem ne olursa olsun herhangi bir zorunlu ilkeye veya varlığı ulaşmak için kullanılamaz. “Varlık” hakkında temel bir sav ortaya sürmek, bu değişimin ve gerçekliğinin mevcut olduğunun herhangi bir nedensellendirmeye başvurmadan açıklanmasından ibarettir.